İşletme, 1865 yılında “Sultansuyu Çiftlikat-ı Hümayun” adı ile kurulmuş, ordunun binek at, keçe, yapağı gibi hayvansal ürün ihtiyaçlarını karşılama görevini 1908 yılına kadar sürdürmüştür. Aynı yıl Meşrutiyetin ilanıyla hazineye devredilmiş, 1915 yılında halen hara merkezi olan Aziziye Kışlası ve civarındaki 500 dekarlık arazide bir tay deposu kurulmuş ve ilk defa Hara ismini almıştır. Bu oluşum da 1924 yılında feshedilerek, yerine Topçu alayı kurulmuştur.
1928 yılına kadar hizmetini sürdüren topçu alayı kaldırıldıktan sonra, çöl karakterine sahip safkan Arap atı yetiştirerek memleket atlarının kan değişikliğini sağlamak ve orduya hafif süvari bineği atı yetiştirmek amacıyla Yüksek Vekiller Heyetinin 29/7/1928 tarih ve 6943 sayılı kararnamesi ile “Sultansuyu Harası” kurulmuştur.
1984 yılında Haralar ve İnekhanelerin Devlet Üretme Çiftlikleri ile birleşmesi neticesinde, Kamu İktisadi Teşebbüsü olarak kurulan Tarım İşletmeleri Genel Müdürlüğü’ne bağlı “Sultansuyu Tarım İşletmesi Müdürlüğü” adını almıştır.